La collina dove è collocata la chiesa fu popolata fino dalle epoche più antiche.
Lungo le sue pendici sono affiorati, in più occasioni, frammenti ceramici databili dalla Protostoria (IX-VIII sec. a.C.) all’età medievale e post-medievale; inoltre, in più punti, sono ancora visibili tratti delle grandi mura che in età etrusca e romana circondavano l’altura rendendola una sorta di “rocca” inespugnabile.
Esiste la tradizione che vuole la chiesa fondata sui resti di un tempio romano dedicato a Bacco ma, se si eccettua una ipotetica iscrizione di cui si sono perdute le tracce, non ci sono elementi obiettivi di riscontro per una ipotesi di questo tipo.
Non si conosce ancora con esattezza la data di costruzione della chiesa: qualche notizia esiste invece sulla figura di Alessandro a cui è dedicata e che è probabilmente, seppure coperta da tradizioni e leggende, una figura storica.
Alessandro fu vescovo nel IX secolo, in un momento di crisi della chiesa fiesolana il cui patrimonio si andava via via sostanzialmente riducendo. Nacque a Fiesole, non si conosce quando, e fu prima assistente del vescovo Leto e arcidiacono della Cattedrale finché, alla morte del Vescovo, gli successe sulla cattedra di S. Romolo. Per porre rimedio alla grave situazione del patrimonio ecclesiastico fiesolano, ricorse all’imperatore Lotario e si recò a Pavia dove lo incontrò tra il maggio e il giugno dell’ 823. Ebbe ascolto e, oltre alla conferma dei beni, entrò in possesso di Fiesole e del castello di Monteloro.
Questo rafforzamento dei poteri del vescovo significò, di fatto, un sostanziale ridimensionamento di quello dei locali signorotti e suscitò una loro immediata reazione contro Alessandro che fu ucciso, nel suo viaggio di ritorno da Pavia, sulle sponde del fiume Reno.
Il ritorno a Fiesole delle spoglie del vescovo è descritto in un Passionario custodito nell’Archivio Vescovile di Fiesole: l’ingresso del mesto corteo in città, la ripida salita verso l’altura e la deposizione nella chiesa, evidentemente, in quel momento, la più importante tra quelle esistenti e che, a partire da quel momento, prese il nome di S. Alessandro.
Non è infatti questo il “titolo” più antico: il precedente, forse quello di fondazione, era a S. Pietro in Gerusalemme, era cioè dedicata all’apostolo Pietro nel momento iniziale della sua predicazione sui gradini del tempio.
Questa dedicazione a Pietro, santo particolarmente caro ai Longobardi e le cui chiese erano frequentemente collocate sulle alture prospicienti gli antichi centri urbani, e il ritrovamento, nel corso dei lavori di restauro effettuati dall’architetto Giuseppe del Rosso nei primi decenni del secolo scorso, di alcune tombe, all’interno di una delle quali venne recuperata una tipica crocetta aurea, oggetto rinvenuto abbastanza di frequente in tombe di età longobarda (la crocetta è esposta al Museo Nazionale del Bargello a Firenze) indicano la possibilità dell’esistenza della chiesa già nel VII-VIII secolo. Le tombe antistanti, documentate dal Del Rosso e oggi non più visibili, apparterrebbero di conseguenza ad un nucleo longobardo cristianizzato.
Le notizie storiche sulla chiesa non sono moltissime. Fu il vescovo Zanobi a istituire, sul finire del secolo X, un certo numero di canonici per attendere agli uffici sacri.
La chiesa mantenne, nei secoli successivi, una notevole vitalità e importanza: al suo interno, sul fonte battesimale del Ferrucci, successivamente trasferito in Cattedrale, si battezzavano i fiesolani e gli abitanti dei centri vicini.
Intorno al 1580, con il vescovo Francesco Cattani da Diacceto, furono effettuati alcuni restauri che interessarono anche la parte absidale.
Il momento più difficile per la chiesa arrivò però due secoli dopo (1784) quando, a seguito della necessità di creare un nuovo cimitero per i fiesolani, l’architetto Bernardo Fallani, avuto l’assenso del vescovo, propose di creare il cimitero proprio all’interno dell’antica Basilica, del resto scoperchiata e in pessime condizioni. Si provvide allora a smantellare il pavimento, l’altare maggiore e gli arredi sacri, compreso il corpo del Santo, che vennero trasferiti in Cattedrale.
Fu sotto il granduca Ferdinando III che si cominciò a pensare al restauro dell’antica Basilica, restauro di cui fu incaricato l’architetto Giuseppe Del Rosso che la ricostruì secondo i gusti del tempo, ricoprendo la navata centrale con una volta intonacata, risanando il pavimento e il sagrato antistante e addossando al lato meridionale un porticato sotto il quale trovarono posto sepolture di alcuni membri delle più illustri famiglie fiesolane oltre allo stesso Del Rosso e alla moglie Giuseppina Barsotti.
Al momento in cui iniziò l’ultimo intervento di restauro (1957), oltre al notevole dissesto di tutte quante le strutture, anche questa redazione ottocentesca risultava grandemente danneggiata. Venne quindi deciso di sacrificare del tutto questo aspetto, a parte la facciata, andando semmai a ricercare, come ebbero a dire i restauratori di allora “le autentiche rimanenti antiche strutture con ogni possibile chiarezza di linguaggio”. E’ quindi in questo senso da lamentare, una volta di più, la scarsità di documentazione archeologica presentata a corredo di questi lavori; essa avrebbe potuto fornire elementi di notevole importanza sulle varie fasi di vita dell’edificio e sulle sue trasformazioni nel tempo.
L’approccio fu insomma quello di restituire il più possibile alla chiesa l’ipotetico aspetto che si riteneva “originario” (paleocristiano ?) sacrificando di fatto, nell’immagine così “ricostruita”, tutto il suo passato, il suo trasformarsi e modificarsi nel tempo anche secondo criteri e oscillazioni del gusto storicamente variabili.
La chiesa si presenta oggi come una grande sala, con la navata centrale che è praticamente doppia rispetto alle laterali e da queste divisa da splendide colonne in marmo cipollino orientale e in marmo bianco pario di possibile, ma non sicuro, riutilizzo da un edificio romano.
Sul fondo, una grande parete liscia con lunga finestra verticale centrale, indica che l’abside, forse pericolante, venne demolito in occasione di restauri cinquecenteschi e sostituito con una semplice parete di fondo; i resti di due absidi, forse in parte ricollegabili alla chiesa romanica, furono rinvenuti nel corso dei recenti restauri e sono visibili su richiesta.
L’interno della chiesa è completamente spoglio e risalta la muratura a filaretto strappata in più punti, nella parte alta, per la costruzione, nel Settecento, di tettoie lignee protettive.
Dalla navata sinistra si accede alla Compagnia dell’Assunta, sulle cui pareti laterali sono una serie di affreschi che raffigurano, inquadrate tra figure di Sibille e Profeti, scene della vita di Maria. Sulla parete sinistra, da sinistra verso destra: L’angelo che avvisa S. Giovacchino, Incontro di S. Anna e S. Giovacchino, Nascita della Madonna, Presentazione della Vergine al Tempio, Sposalizio della Madonna. Sulla parete destra, da sinistra verso destra: Visitazione, Natività, Adorazione dei Magi, Presentazione al Tempio di Gesù, La morte della Madonna. Questa serie di affreschi data alla seconda metà del secolo XVI.
Sul fondo della stanza della Compagnia, sull’altare, è una grande tavola che raffigura l’Assunzione della Madonna, raffigurata in una mandorla e circondata da cherubini e angeli musicanti. Alla sua destra S. Michele, raffigurato in armatura completa, e, dalla parte opposta, S. Pietro. La tavola è databile alla prima metà del secolo XVI; il Macciò e, successivamente, il Giglioli la attribuirono a Gerino da Pistoia riconoscendo, in particolare nella figura della Madonna e in quella di S. Michele, chiare influenze del Perugino.